L’organisation de l’Œuvre repose sur les principes d’autonomie et de communion qui en font une grande famille. Chaque Foyer de Charité est à la fois responsable et garant de cet esprit de famille.
Les Foyers de Charité sont gouvernés ordinairement par l’Assemblée générale, le Père Modérateur et le Conseil international. L’Assemblée fixe les orientations générales de l’Association. Elle élit le Père Modérateur et les membres du Conseil international. Le Père Modérateur et le Conseil international supervisent la vie et la mission des Foyers de Charité. Ils en assurent la bonne marche.
Dans leur mission de gouvernance, le Père Modérateur et le Conseil International s’appuient sur un secrétariat général composé d’un secrétaire général et de responsables de domaines.
Cependant, depuis le 3 février 2022, suite aux décrets Prot.N.2022/6 et Prot.N2022/195 du Dicastère pour les Laïcs, la Famille et la Vie, dicastère dont dépendent les Foyers de Charité, le gouvernement temporaire des Foyers de Charité a été confié à différents délégués pontificaux.
Depuis le 14 février 2024, deux vices-délégués pontificaux ont été nommés :
- Sœur Christine Foulon, religieuse de l’Assomption
- Monsieur Laurent Landete, Directeur du Collège des Bernardins.
Par ailleurs, une Fondation reconnue d’utilité publique soutient financièrement le développement international des Foyers de Charité.
Chaque Foyer de Charité s’appuie lui-même sur une structure juridique civile conforme au pays dans lequel il est basé.