La organización de la Obra se basa en los principios de autonomía y comunión que hacen de ella una gran familia. Cada Foyer de Charité es a la vez responsable y garante de este espíritu de familia.
Los Foyers de Charité se rigen habitualmente por la Asamblea General, el Padre Moderador y el Consejo Internacional. La Asamblea General fija la orientación general de la Asociación. Elige al Padre Moderador y a los miembros del Consejo Internacional. El Padre Moderador y el Consejo Internacional supervisan la vida y la misión de los Foyers de Charité. Garantizan el buen funcionamiento de los Foyers de Charité.
En su misión de gobierno, el Padre Moderador y el Consejo Internacional cuentan con el apoyo de una secretaría general compuesta por un secretario general y jefes de departamento.
Sin embargo, desde el 3 de febrero de 2022, a raíz de los decretos Prot.N.2022/6 y Prot.N2022/195 del Dicasterio para los Laicos, la Familia y la Vida, dicasterio del que dependen los Foyers de Charité, el gobierno temporal de los Foyers de Charité ha sido confiado a varios delegados pontificios.
Desde el 14 de febrero de 2024, han sido nombrados dos vicedelegados pontificios:
- Sor Christine Foulon, Religiosa de la Asunción
- Sr. Laurent Landete, Director del Collège des Bernardins.
Además, una Fundación reconocida de utilidad pública aporta su apoyo financiero al desarrollo internacional de los Foyers de Charité.
Cada Foyer de Charité se basa a su vez en una estructura jurídica civil acorde con el país en el que tiene su sede.